009と003は、旅行中に突如現れた小松博士が残したなぞの言葉の意味を知るため、イースター島、メキシコ、エジプトなどを旅する。
004は宇宙人に命を狙われ、不安を覚え、009の元へやってくる。
008はサイボーグであるがゆえに、愛する女性を失ってしまったと009に告白する。
001は精神の一部を009に見せ、002と005は「敵」に操られ、009たちを襲う。
各戦士たちに問題が起こり、そして、009たちは集結する。