ある日、009と007の目の前で、003がUFOにさらわれる。009の前に現れたサン・ジェルマン伯爵から、未来人が太古へ移民するためのタイムトリップの途中に原因不明の事故に遭遇し、亜時空間をさまよう漂流民になってしまったことを告げる。漂流民は、現在の時間世界に混乱を起こしても脱出しようとする「帰還強行派」と、このまま亜時空間で暮らそうとする「穏健派」に分かれている。「穏健派」のボスが003の子孫であることから、「強行派」に捕らわれてしまった。サン・ジェルマン伯爵の協力で、003を取り戻した009。そしてついに「帰還強行派」は、地球のレイ・ライン・エネルギーを利用した最終計画を実行しようとする。009たちは、紀元前200万年前の世界へタイムトリップし、そこへ未来人たちの「帰還装置」を設置し、未来人たちを太古の世界へ再び導くのであった。