世界各地で大量の麻薬が流出した。麻薬常習者による事件が頻繁に起こり、世界各地が混乱に陥る。その背後に謎の組織が関係していることを掴んだ009は、世界各国から仲間たちに召集をかける。
情報を掴んだ009たちは、麻薬の一大生産地であるビルマ、タイ、ラオス国境付近の「黄金の三角地帯」に向かう。そこで、009たちは「影の軍隊」と呼ばれる組織が、麻薬ビジネスを武力によって支配をしていることを突き止める。その地下工場に突入した009たちは「影の軍隊」の正体が新しい『黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）』そのものであることを知るのであった。『黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）』が再び蘇り、治安の混乱と軍資金集めのため、麻薬を栽培していたのだった。