魔のバミューダ海域で発見されたピラミッドが、盗掘組織によって爆発された。しかし、そのピラミッドから現れたのは未知の技術で作られたロボットたちだった。人間の醜い欲望が、バミューダの海底に眠る恐ろしい敵を目覚めさせる。敵を倒すため009たちは、世界各国から結集する。空飛ぶ帆船に乗り込み次々と襲い掛かる敵と戦い、「海底ピラミッド」の正体に迫っていく。やがて、彼らの前に、「サン・ジェルマン伯爵」と名乗る男が現れ、『白鯨号』を使って、「海底ピラミッド」と戦うことを要請される。その後009たちは、ピラミッドの秘密とサン・ジェルマン伯爵の正体を知る。彼の種族は、太古にピラミッドの種族との戦いに破れ、地球に逃れてきたのだった。そして、ピラミッドの種族は、彼らを監視するために、「海底ピラミッド」を地球に残していったのだった。