ゼロゼロナンバーたちは、故国に戻りそれぞれ平穏な生活を送っていた。人気レーサーとして活躍していた009の前に、かつて鑑別所ですごした仲間が現れる。しかし、その友人たちは、『黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）』に改造手術を受けた暗殺者だった。
『黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）』の暗躍を予感し、ギルモア博士は、009たちを再び集結させる。それぞれバラバラな生活を送っていた009たちはうまくチームワークがとれず、危機に瀕する。しかし、『黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）』を倒すため、力を合わせ最後の決戦に挑むのであった。

地下帝国にたどり着いた009たち。かつての地下世界の支配者「ザッタン」、『黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）』との三つ巴の闘いが始まる。激闘を繰り広げるが、最後に、009達の前に立ちはだかったのは強敵バン・ボグートと、宿敵スカールである。009たちはようやくスカールたちを追い詰めるが、スカールたちは地下帝国を水爆で壊滅し、魔神像で脱出する。
001の超能力によりサイボーグたちは地上に帰還するが、009だけはスカールとともに魔神像で宇宙へ打ち上げられてしまう。地上で009の無事を願う003たち。死闘の末スカールを倒した009は魔神像の中で『黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）』の総統と対峙する。009は『黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）』を倒すのだが、009を助けに来た002と共に流れ星となって、地球に落下していった。

そして、009たちと『黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）』との戦いは終わった…。