『黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）』のウラノス・ガイア両博士によって、「ミュートス･サイボーグ」が作られていた。試作品のゼロゼロナンバーよりも優れた能力を持つミュートス・サイボーグは『黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）』より「裏切り者を抹殺しろ」との命令を受け、サイボーグたちに決戦を挑む。ギリシャに上陸した009たちは、ギリシャ神話の神々を模したミュートス・サイボーグたちに襲われる。009同等以上の加速装置を持ち身体から摂氏3000度の熱を放出する「アポロン」、武器を仕込んだ木馬を操るアポロンの姉「ヘレナ」や多くのミュートス・サイボーグたちと戦う。アポロンとの対決では、加速装置以外にどんな能力があるのかという問いに009は「あとは勇気だけだ」という名セリフがある。アトラスエーゲ海に浮かぶ火山島マグマを最後の舞台とし、009たちと、ミュートス・サイボーグの死闘が繰り広げられる。