イワン・ウイスキー、ジェット・リンク、フランソワーズ・アルヌール、アルベルト・ハインリヒ、ジェロニモ・ジュニア、張々湖、グレート・ブリテン、ピュンマ、島村ジョーの9人が
『黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）』に改造される物語から始まる。
戦争を商売にする死の商人『黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）』は未来戦争計画と称して、世界各地から研究者を集め、実験用モルモットのため、世界各地で人間狩りを開始し、改造人間の開発に着手する。各サイボーグ戦士は、幽霊島に連れ去られ、サイボーグに改造される。
009島村ジョーは、サイボーグ化手術を終え、最終テストを切り抜け、『黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）』に迎えられる。かねてから、恐ろしい計画に気付いていたギルモア博士は、他のゼロゼロナンバーサイボーグと脱出計画を試みる。そして、ゼロゼロナンバーズが『黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）』に銃を向けた瞬間から009たちの長い戦いが幕を開けることとなる。

基地から脱出しようとするサイボーグたちは、巨大ロボット兵器や戦闘機、ロボット兵、恐竜ロボットが追われるが、それぞれの能力を活かし、敵をなぎ倒して進んで行く。敵の懐から脱出しようとする寸前、001は「『黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）』を倒さない限り、平和が訪れることはない」と断言する。そして、サイボーグたちは脱出したばかりの『黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）』の基地へ引き返し、激しい戦いの末、その基地を壊滅した。
しかし、その基地は『黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）』の拠点のひとつに過ぎなかった。